电视剧《孽缘》的剧情主要讲述了人性偏执的故事，这故事中的每一个人物，震撼人心的地方就是疯狂，阴暗的人性，疯狂的挣扎，疯狂的美丽，导致了悲剧的一幕幕上演。
故事的开始，美丽的女大学生，所有人羡慕又喜爱的对象，一个好似精灵般聪慧的女子，海灵。被一个叫做刘多贵的恶棍强奸了。更让海灵愤慨的是，刘多贵赫然竟是自己最好朋友玉梅的未婚男友。
命运把海灵无法想象的打击突然之间送到眼前，这个顽强的姑娘并没有崩溃，她想要报警，想要让刘多贵受到应有的惩罚。然而海灵的父母不能理解自己的女儿，这突然的噩耗让两位老人无法承受，甚至把怒火洒在了女儿身上。而海灵的哥哥也为了报复刘多贵，失手将其打伤，锒铛入狱。
同时海灵的好友，刘多贵的未婚妻玉梅，为了保住自己将要成婚的丈夫。背叛了海灵，为刘多贵做了假证。让刘多贵逃脱了惩罚，更可怕的是，海灵怀孕了。社会的舆论，路人的低语，都让海灵无法承受，她离开了自己的故乡，这个让自己命运转折的地方。
在最艰难的时刻，一个名叫李保全的男子出现在海灵眼前，这是个胸怀广阔的男人，他不计较海灵的过去，他不顾家里的种种反对，毅然走到海灵身边，用自己纯真的心，化开了海灵内心中的寒冰，让她终于愿意再次接受一个能够理解自己，温暖自己的心。
只要有李保全在身边，就算刘多贵依然纠缠在左右，海灵已经不再慌张，她终于找到让自己停泊的港湾，李保全和海灵关系越来越好，这对善良的人帮助了很多人，包括一个叫郭浩东的打工仔，郭浩东离开前对二人感激涕零。此时刘多贵也因为走私假烟被抓进监狱，海灵松了口气，觉得苦难应该都已过去，幸福的未来已经在向她招手。