二者处于不同的地理位置。
潼关位于陕西省渭南市潼关县北，北临黄河，南踞山腰。《水经注》载：“河在关内南流潼激关山，因谓之潼关。”潼关设于东汉末，当时关城建在黄土塬上，隋代南移数里，唐武则天时北迁塬下，形成今日潼关城旧址。因为潼关地处黄河渡口，位居晋、陕、豫三省要冲，扼长安至洛阳驿道的要冲，是进出三秦之锁钥，所以成为汉末以来东入中原和西出关中、西域的必经之地及关防要隘，历来为兵家必争之地，素有“畿内首险”、“四镇咽喉”、“百二重关”之誉。
函谷关，位于河南省三门峡市灵宝市区，该关西据高原，东临绝涧，南接秦岭，北塞黄河，是中国历史上建置最早的雄关要塞之一。函谷关历史上有两座：秦关位于河南省灵宝市北15公里处的王垛村，距三门峡市约75公里；汉关东移至洛阳新安县，西距秦关150公里。因其地处“两京古道”，紧靠黄河岸边，因关在谷中，深险如函，故称函谷关。